Les EPTB s’inscrivent dans la logique de la loi sur l’eau du 16 décembre 1964, qui avait imaginé un dispositif cohérent reposant sur trois grands types d'acteurs de l'eau : les comités de bassin, les agences financières de bassin (renommées "agences de l'eau ") et des établissements publics pouvant se porter maître d'ouvrage d'opérations à l'échelle du bassin versant ou d’un sous-bassin.

La loi du 30 juillet 2003 sur les risques technologiques et naturels a vu la reconnaissance des EPTB comme acteurs légitimes de la gestion des fleuves et rivières et de la prévention des inondations. La loi du 23 février 2005 relative au développement des territoires ruraux a précisé le rôle des EPTB en terme de "préservation et gestion des zones humides". Aujourd’hui de nombreuses références aux EPTB sont inscrites dans le code de l’environnement.

La loi grenelle 1 n°2009-967 du 3 août 2009 de programmation relative à la mise en oeuvre du Grenelle de l'environnement dans son article 29 indique que : " Le développement des maîtrises d'ouvrage locales sera recherché, notamment en y associant les collectivités territoriales, afin de remettre en bon état et entretenir les zones humides et les réservoirs biologiques essentiels pour la biodiversité et le bon état écologique des masses d'eau superficielles. En particulier, la création des établissements publics territoriaux de bassin sera encouragée, ainsi que l'investissement des agences de l'eau et des offices de l'eau dans ses actions. ".

La loi Grenelle 2 n° 2010-788 du 12 juillet 2010 conforte le rôle des EPTB dans l'élaboration et la mise en oeuvre des Schémas d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE).

La circulaire du 19 mai 2009 relative aux Etablissements publics territoriaux de bassin après l'adoption de la LEMA (Loi sur l'Eau et les Milieux Aquatiques du  2006-1772 du 30 décembre 2006) a été publiée au journal officiel du MEEDDM du 25 juin 2009.

Cette circulaire remplace celle du 9 janvier 2006. Elle comporte des annexes qui visent pour la première fois à rappeler le rôle et les missions des EPTB ainsi que la définition légale de la gestion équilibrée et durable de la ressource en eau.

• Création EPTB (article L. 213.12 du code de l'environnement)

 « Pour faciliter, à l'échelle d'un bassin ou d'un sous-bassin hydrographique, la prévention des inondations et la gestion équilibrée de la ressource en eau ainsi que la préservation et la gestion des zones humides, les collectivités territoriales intéressées et leurs groupements peuvent s'associer au sein d'un établissement public territorial de bassin.

Cet organisme public est constitué et fonctionne, selon les cas, conformément aux dispositions du code général des collectivités territoriales régissant les établissements constitués en application des articles L. 5421-1 à L. 5421-6 ou des articles L. 5711-1 à L. 5721-9 du même code. Le préfet coordonnateur de bassin délimite, par arrêté et après avis du comité de bassin et des collectivités territoriales concernées et, s'il y a lieu, après avis de la commission locale de l'eau, le périmètre d'intervention de cet établissement public.

Un décret en Conseil d'Etat fixe les modalités d'application du présent article. »

• Financement

- Redevance pour service rendu (article L. 213.9.2 du code de l'environnement)

 « IV. - L'agence de l'eau peut percevoir, à la demande d'un établissement public territorial de bassin et pour le compte de celui-ci, des redevances instituées par cet établissement pour service rendu en application de l'article L. 211-7. Le produit des redevances est intégralement reversé au budget de l'établissement public territorial de bassin, déduction faite des frais de gestion. »

   -    Majoration de la redevance prélèvement de l'agence de l'eau :

« V bis. – Dans la limite du doublement des tarifs plafonds fixés par le présent article, les établissements publics territoriaux de bassin mentionnés à l’article L. 213-12 peuvent demander à l’agence de l’eau d’appliquer, dans le périmètre du schéma d’aménagement et de gestion des eaux sur lequel ils interviennent à la suite soit de la mise en œuvre de la procédure de reconnaissance prévue par l’arrêté du 7 février 2005 relatif à la délimitation du périmètre d’intervention de l’établissement public territorial de bassin, soit d’une création postérieure à l’adoption de la loi n° du portant engagement national pour l’environnement, une majoration du tarif des redevances pour prélèvement sur la ressource en eau mentionnées au I du présent article, les sommes ainsi recouvrées étant reversées à l’établissement public territorial de bassin ans frais de gestion.

« La majoration du tarif de la redevance ne peut pas être supérieure à 25 % du tarif applicable dans l’unité géographique considérée. Les sommes à reverser à l’établissement ne peuvent représenter plus de 50 % des dépenses de fonctionnement de l’établissement pour le suivi et la mise en oeuvre des actions à réaliser dans le périmètre du schéma. »

II. – Après le troisième alinéa de l’article L. 213-12 du même code, il est inséré un alinéa ainsi rédigé : « Les ressources de l’établissement se composent des contributions de ses membres, de redevances pour services rendus, de subventions et de prêts ainsi que des sommes perçues par l’agence de l’eau à la demande de l’établissement en application de l’article L. 213-10-9. »

• EPTB et SDAGE (article L.212.2 du code de l'environnement)

 « I. - Le comité de bassin compétent dans chaque bassin ou groupement de bassins élabore et met à jour le ou les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux et en suit l'application.

II. - Le comité de bassin recueille les observations du public sur le projet de schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux.

Il soumet ensuite le projet, éventuellement modifié pour tenir compte des observations du public, à l'avis des conseils régionaux, des conseils généraux, des établissements publics territoriaux de bassin et des chambres consulaires concernés. Ces avis sont réputés favorables s'ils n'interviennent pas dans un délai de quatre mois suivant la transmission du projet. Le comité de bassin peut modifier le projet pour tenir compte des avis formulés. »

• EPTB et SAGE

Avis périmètre SAGE (article L.212.3 du code de l'environnement) 

Membre CLE (article L. 212.4 du code de l'environnement)

Structure porteuse (article L.212.4 du code de l'environnement)

Avis sur SAGE (article L.212.6 du code de l'environnement)

• EPTB et inondation

 Article L566-10 CE :

Les établissements publics territoriaux de bassin mentionnés à l'article L. 213-12 assurent à l'échelle du bassin ou sous-bassin hydrographique de leur compétence la cohérence des actions des collectivités territoriales et de leurs groupements visant à réduire les conséquences négatives des inondations sur les territoires mentionnés à l'article L. 566-5, par leur rôle de coordination, d'animation, d'information et de conseil pour des actions de réduction de la vulnérabilité aux inondations.

Article L566-11 CE :

Les évaluations préliminaires des risques d'inondation, les cartes des surfaces inondables, les cartes des risques d'inondation et les plans de gestion du risque d'inondation sont élaborés et mis à jour avec les parties prenantes identifiées par l'autorité administrative, au premier rang desquelles les collectivités territoriales et leurs groupements compétents en matière d'urbanisme et d'aménagement de l'espace, ainsi que le comité de bassin et les établissements publics territoriaux de bassin et la collectivité territoriale de Corse pour ce qui la concerne.

• Aménagements hydrauliques

Article R214-64 CE :

Dès réception d'un dossier complet et avant ouverture de l'enquête, le préfet soumet ce dossier à l'avis des départements et à l'établissement public territorial de bassin intéressés, ainsi qu'au président de la commission locale de l'eau, si l'opération est située ou exerce un effet dans le périmètre d'un schéma d'aménagement et de gestion des eaux approuvé.

Lorsque la délivrance ou le passage de tout ou partie de ce débit affecté est permise par un aménagement autorisé ou concédé en application de la loi du 16 octobre 1919 relative à l'utilisation de l'énergie hydraulique, le préfet soumet également le dossier à l'avis du permissionnaire ou du concessionnaire ainsi qu'à l'autorité concédante.

Les avis sont réputés favorables s'ils ne sont pas émis dans un délai de trois mois à compter de la réception du dossier.

• Domaine Public Fluvial

 Article R2111-19 CGPPP :

Le dossier mis à l'enquête est soumis par le préfet compétent pour prononcer le classement à l'avis des collectivités territoriales sur le territoire desquelles s'étend le domaine à classer et des autorités gestionnaires des infrastructures et installations publiques qui sont implantées sur ce domaine, ainsi que, le cas échéant, de l'établissement public territorial de bassin et de la commission locale de l'eau.

Ces avis sont réputés favorables s'ils ne sont pas émis dans un délai de trois mois à compter de la transmission du projet de classement.

• Avis divers (articles L.211.7 et L.214.17 du code de l'environnement)

• L'Association Française des EPTB est membre du Comité National de l’Eau (D213-4)