Les Contrats de Rivière portés par l'EPTB disposent tous d'un volet "inondation" en raison de l'importance des crues qui se produisent sur le bassin versant (Saône, Seille, Ognon, Loue, Dheune, Lanterne,...).

Des programmes spécifiques sont également engagés :

• Deux Plans d'Action de Prévention des Inondations (PAPI) : sur la Saône (intégré au Contrat de Vallée Inondable), et sur la Savoureuse et l'Allan
• Un observatoire des inondation du Doubs initié dans le cadre du programme Saône-Rhin
• Différentes initiatives locales de protection (Blussangeaux) et de restauration de casier d'inondation.

Les actions visant à restaurer la qualité des eaux superficielles et souterraines sont menées dans le cadre des politiques publiques portées par l'EPTB Saône et Doubs.

Avec pour double objectif de préserver la diversité biologique et de valoriser les territoires, l'Europe s'est lancée, depuis 1992, dans la réalisation d'un ambitieux réseau de sites écologiques appelé Natura 2000, et désignés au titre des Directives Oiseaux (1979) et Habitats Faune Flore (1992). Ce réseau couvre aujourd'hui 20% du territoire du bassin versant de la Saône.

L'EPTB Saône et Doubs s'est impliqué dans cette démarche et a élaboré, à la demande de l'Etat, plusieurs Documents d'Objectifs sur différents sites du val de Saône et de la basse vallée du Doubs. Depuis 2004, l'EPTB a souhaité pérenniser son action en tant qu'animateur de sites avec la mise en place de contrats de gestion environnementale.

L'EPTB développe également, en partenariat avec les Fédérations de Pêche, l'ONEMA et l'Agence de l'Eau de nombreux projets d'aménagement de frayères et de reconquête des zones humides.

En 2004, un programme majeur de recensement des zones humides a été engagé sur l'ensemble du bassin versant de la Saône. Il a permis l'expertise sommaire d'environ 650 zones humides et servira de base à un programme de sauvegarde des zones jugés prioritaires au titre de la DCE.

L'EPTB Saône et Doubs dispose depuis le 1er janvier 1999 d'un pôle de formation, la Maison Nationale de l'Eau et de la Pêche.

Organisme pionnier et réputé au niveau national dans le domaine des formations professionnelles liées à la gestion des milieux aquatiques et leur valorisation halieutique, la Maison Nationale de l'Eau et de la Pêche est largement soutenu par la Région Franche-Comté, l'Union Européenne et le Département du Doubs.

Cet établissement pédagogique et de formation au service de l'eau et des milieux aquatiques est un élément essentiel de la politique de l'eau du bassin de la Saône.

Outre ses domaines de compétences actuels reconnus et appréciés, la Maison Nationale de l'Eau et de la Pêche étend ses activités à la formation des élus, des acteurs techniques et des décideurs. En partenariat avec les associations et les fédérations de pêche du bassin, elle développe de nouvelles initiatives en liaison avec le Musée de la Pêche dont elle assure la gestion.

Enfin, centre de ressource et laboratoire d'expériences, elle coordonne et initie des concepts innovants qui lui sont propres telles que les classes d'eau avec l'appui du réseau associatif et de l'éducation nationale.

Situé à Ornans, cet établissement bénéficie par ailleurs du cadre prestigieux de cette ville traversée par la Loue.