Le climat, la morphologie et la géologie du bassin exposent ce territoire à trois types de crues, relevés dans le Schéma d'aménagement du bassin de l'Adour réalisé en 1994 par l'Institution Adour :

• les crues torrentielles dans les sous-bassins à forte pente comme les vallées pyrénéennes (crues du gave d'Oloron en juin 1875 et octobre 1937, par exemple), et certaines zones aux sols peu perméables comme les coteaux basques (crue du 29 août 2007) ;

• les crues de plaine notamment dans les zones basses, comme l'Adour moyen (crues en aval d'Aire en février 1879, février 1952 et décembre 1981) et l'Adour maritime (crue de décembre 1981) ;

• le ruissellement urbain lors d'orages localisés.

Le schéma soulignait le risque de concomitance de diverses crues, suite aux travaux d'aménagement réalisés sur l'Adour et le gave de Pau depuis deux décennies.

L'Institution Adour agit dans ce domaine autour de trois axes principaux :

• la préservation des zones d'expansion des crues et des zones de divagation du lit (maîtrise d'ouvrage de la reconquête de l'espace de mobilité de l'Adour entre Maubourguet (65) et Riscle (32) sur 40 km ; accompagnement du Syndicat intercommunal de la vallée moyenne de l'Adour pour la mise en place d'une gestion stratégique sur l'Adour moyen ;

• l'élaboration de schémas coordonnés d'entretien végétal et de restauration des rivières ;

• les travaux de protection des personnes et des biens, et l'entretien des ouvrages de protection.

Le bassin de l'Adour peut être décomposé en quatre sous-ensembles, du point de vue de l'hydrologie :

• au sud, les rivières pyrénéennes (gaves et nives), aux débits soutenus et étiages tardifs, grâce à une nappe alluviale riche et des apports niveaux ;

• au nord, le bassin de la Midouze, aux nappes abondantes et aux étiages atténués ;

• au centre, l'axe Adour aux étiages sévères ;

• de part et d'autre de l'Adour, les rivières des coteaux, aux étiages accusés et précoces.

Ces réalités hydroclimatiques, combinées aux prélèvements nécessaires aux divers usages (eau potable, industrie, agriculture), rendent difficile le respect des débits objectifs d'étiage fixés dans le Schéma directeur d'aménagement et de gestion de eaux du bassin Adour Garonne.
Les acteurs locaux de certains sous-bassins se sont engagés dans des démarches de gestion quantitative de l'eau, les plans de gestion des étiages (PGE), selon trois types d'actions, par ordre de priorité : économiser l'eau, mieux gérer l'existant, créer des stockages.

• Le PGE de l'Adour amont, le premier du genre en France, a été signé en 1999. Il est en cours de révision, et s'intégrera au volet quantitatif du SAGE de l'Adour amont (voir cette rubrique-là pour plus de détails).

• Le PGE des Luys et du Louts, quant à lui, est en cours d'élaboration.

• Pour le bassin de la Midouze, les aspects quantitatifs sont abordés dans le SAGE de la Midouze (voir cette rubrique-là pour plus de détails), sans qu'un PGE ait constitué une étape préalable.

L'Institution Adour intervient au travers de deux opérations, dans le domaine de la qualité des eaux :

• 

  la lutte contre les déchets et corps flottants du bassin, qui portent préjudice à de nombreux usages (risques pour la navigation et les ouvrages, gêne pour l'exploitation hydroélectrique et les loisirs en rivière, dégradation des paysages et qualité des plages du littoral, etc.). L'Institution Adour impulse une politique appuyée sur le Schéma directeur de récupération, collecte et traitement des déchets et corps flottants du bassin de l'Adour réalisé sous sa maîtrise d'ouvrage. Le schéma comprend trois volets : prévention, actions curatives, partage d'expérience et d'informations. Les actions curatives consistent à récupérer les déchets et corps flottants par un barrage flottant innovant installé en zone estuarienne sous maîtrise d'ouvrage de l'EPTB et sur 5 usines hydroélectriques, puis à les collecter et les traiter spécifiquement ;

• la mise en œuvre d'un réseau pérenne de suivi de la qualité des eaux de l'estuaire de l'Adour (en cours d'élaboration). Ce réseau complétera ceux relevant de la mise en œuvre de la Directive cadre européenne sur l'eau et ceux d'intérêt plus local portant sur les cours d'eau du bassin. Il se basera sur les résultats d'une étude préliminaire (2001-2003) qui visait à établir un état de référence de la qualité des eaux de l'estuaire, rechercher l'origine des pollutions chroniques et définir une stratégie de suivi pérenne de la qualité de ces eaux.

La qualité des eaux est également au cœur de l'élaboration des deux SAGE portés par l'Institution Adour (voir cette rubrique-là pour plus de détails).

Le bassin de l'Adour accueille la quasi-totalité des espèces de poissons migrateurs présentes en France. La gestion de ce patrimoine naturel et économique passe notamment par la préservation ou la restauration de leurs populations et leurs milieux de vie continentaux, la coexistence des usages (dont la pêche) sans mettre en péril la pérennité des espèces, ou encore la promotion et des échanges entre la recherche appliquée et la gestion opérationnelle.

Depuis 1997, l'Institution Adour est impliquée dans la gestion de ces espèces, en relation étroite avec de nombreux partenaires, principalement dans le cadre du plan de gestion établi collectivement au sein du Comité de gestion des poissons migrateurs du bassin de l'Adour.

L'EPTB Adour intervient à plusieurs niveaux :

• la sensibilisation des acteurs du bassin à la gestion d'un patrimoine commun ;

• la participation aux diagnostics préliminaires et à la définition du cadre général des interventions ;

• la mise en œuvre opérationnelle des programmes, la coordination de la maîtrise d'ouvrage et du financement d'actions d'intérêt collectif ;

• la contribution au bilan des programmes et à l'évaluation des politiques.

La maîtrise d'ouvrage de l'Institution Adour s'est portée notamment sur la mission d'animation à l'échelle du bassin, les études de comportement de migration estuarienne, la reconstitution de la population de saumon, le suivi de la reproduction de l'alose, la participation au programme européen INDICANG sur l'anguille.

Le bassin de l'Adour présente des milieux aquatiques variés et riches, qui vont de zones humides (comme les barthes ou les saligues) à l'estuaire, en passant par des plans d'eau et par des cours d'eau eux-mêmes. Certains de ces milieux ont été désignés comme remarquables dans le Schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux du bassin Adour Garonne adopté en 1996.

L'Institution Adour s'attache à la prise en compte des milieux aquatiques dans leurs diverses fonctionnalités (écologiques, paysagères, hydrodynamiques, hydrauliques, économiques, etc.).

• Par exemple, elle a fait l'acquisition de deux anciennes gravières des saligues de Jû-Belloc (32) et Bordères (40), qui ont fait l'objet de renaturation, et elle contribue à l'élaboration et à la mise en œuvre de leurs plans de gestion respectifs.

• La gestion des poissons migrateurs, dans laquelle l'EPTB Adour est fortement impliqué, comporte des préconisations et actions spécifiques à leurs milieux continentaux de migration et de vie.

• Une attention particulière est portée aux milieux aquatiques dans le cadre de l'élaboration des Schémas d'aménagement et de gestion des eaux de l'Adour amont et de la Midouze, dont l'Institution Adour est la structure porteuse (voir cette rubrique-là pour plus de détails).

• Enfin, ces milieux seront au cœur de l'élaboration des documents d'objectifs de deux sites Natura 2000 ("L'Adour" en Aquitaine et "Vallée de l'Adour" en Midi-Pyrénées), dont l'Institution Adour sera l'opérateur à partir de 2009.

L'Institution Adour mène des actions complémentaires à ses mission techniques principales (gestion quantitative et qualitative ; gestion des espaces et milieux ; gestion intégrée).

Parmi ces missions complémentaires, l'organisation de l'information et la communication, au profit de partenaires et publics divers avec, notamment :

• la mise en œuvre d'un système d'information géographique pour la coordination de la politique rivière entre l'Institution Adour, ses quatre départements membres et ses syndicats de rivière partenaires (inventaire d'ouvrages, inventaire des travaux, programmation des visites d'entretien, etc.) ;

• le partenariat avec l'Observatoire de l'eau du bassin de l'Adour, pour la collecte, la mise en forme et la diffusion des données sur l'eau ;

• des interventions en milieu scolaire et universitaire, à des salons professionnels, etc.

L'Institution Adour participe également aux réflexions menées à l'échelle du bassin Adour Garonne sur les relations entre le monde de la recherche et les acteurs de la gestion, par exemple au sein de la plate-forme ECOBAG (Environnement, écologie et économie du bassin Adour-Garonne).